“內審管理”部分
第一條：內審是藥品經營企業依據《藥品經營質量管理規范》的要求，組織開展對企業質量管理體系關鍵要素和運行狀況進行審核、評價、改進等活動，保證體系持續有效運行。
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這是國家層面首次提出“內審”的概念。以前企業在GSP認證之前有類似的工作，一直稱為“自查”，自查內容是對照GSP條文。自查是自我認證，能夠解決的問題比較有限，主管部門此后的認證工作量依然很大。這里自然有企業不認真、不負責的因素，但也有自查標準不夠細的原因。這次內審的內容大大擴充，既提高了企業自查工作的針對性，也提高了企業的工作效率。
可以肯定，企業如果做好了內審工作，不僅自身質量管理可以大大加強，爾后主管部門的認證工作也會加快和增效。
第三條：……企業應當至少每年組織一次全面內審。企業體系文件版本更新，發生嚴重藥品質量安全事故以及被食品藥品監督管理部門責令停業整頓或被撤銷認證證書等情況，也應當開展全面內審。設置非法人分支機構的，應當將非法人分支機構納入全面內審范圍之內。
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此前，藥監部門對藥品零售企業每年有跟蹤檢查，檢查內容主要是社會多發熱點和藥監部門對該企業的警覺，但范圍和深度遠不如GSP認證之前的自查。這次把每年的全面內審提升到了和GSP認證一樣的水平，等于每年搞一次自我認證，必然大大提高企業遵守GSP的自覺性和自我約束力。
同時規定，當企業發生了這一條所規定的質量事故和特殊情況時，也應當開展全面內審。這就減少了在特殊情況下企業失控所導致的危害社會公眾的可能性，這是對問題發生后“即發即除”的機制，可以說堵塞了一個很大的漏洞。
這一條還強化了企業全法人范圍的責任，把企業下屬機構，以是否法人作為區別：是法人，單獨列為審查認證對象；不是法人，進入上級企業的審查認證范圍。從理論上講，做到了全覆蓋。
第四條：國家相關法律法規頒布或修訂、《藥品經營許可證》許可事項發生變更、組織機構調整、關鍵設施設備更換，以及企業體系文件規定需要開展專項內審的其他情形，企業應當組織專項內審。
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這一條規定的幾種情況，都可能會導致企業的質量管理短時間失范，雖然范圍不大，但后果危害性難以估量。利用特殊情況下的專項內審，可以有效地防止失范情況的出現，是另外一層意義上的全覆蓋。
第十四條至第二十三條，還規定了十個方面的內審內容。有了這些較為具體又極具操作性的規定，既避免了企業做無用功，也避免了企業在內審時留下認證工作的空白點；既符合主管部門“法無規定不可為”的原則，也符合企業“法無禁止即可為”的自由。畢竟，這些附件一旦通過，也是廣義上的“法”。
“藥品零售連鎖管理”部分
第一條：……在企業總部統一領導下，建立覆蓋包括總部各管理部門、企業物流配送機構以及全部連鎖門店的質量管理體系，實施統一企業標識、統一管理制度、統一計算機系統、統一人員培訓、統一采購配送、統一票據管理、統一藥學服務標準，實現規模化、集團化管理經營。
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這里的“七統一”，是藥品零售連鎖企業對其門店的基本管理制度。
當前，在國家大力提倡和積極推進下，各地藥品零售行業的連鎖率持續穩定地提高。由于連鎖率的提高和當地經濟水平、藥品零售政策、醫保政策、藥店布局等相關，并非越高越好，所以，有一個各地不同的最佳數據，過高過低都不利。但是，由于某些政策向連鎖企業傾斜，就有一些所謂的“加盟連鎖”出現。“加盟連鎖”和總部沒有資本連接紐帶，只是名義上的掛靠，總部得規模，門店得名聲。而總部對門店管理不到位，特別在質量管理和采購配送上，門店往往自行其是，一旦出了大的問題，門店根本無力承擔后果，而總部不僅要承擔經濟損失，還要承擔社會形象損失。
所以，“加盟連鎖”一直未能全面推廣。國內有一個大城市在本世紀初曾以“加盟連鎖”提高連鎖率到近90%，結果一年多時間就自行退下40個百分點。現在強制規定“七統一”，并在后面幾條中明確規定連鎖總部和門店各自的權力責任，由總部“對門店的經營行為和質量管理負責”（第三條），“總部建立的計算機系統能夠對總部和門店實施統一管理”（第五條），可有效預防變相的“加盟連鎖”，是藥品零售行業的福音，也是社會的福音。
第七條 ：總部負責對購進藥品、供貨單位及其銷售人員的合法資質進行審核，并統一采購藥品。第八條 ：……門店不得自行采購藥品。第十五條：藥品零售連鎖企業可在全國范圍內開設門店，總部可向其門店直接配送藥品，也可委托其他單位配送。
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“加盟連鎖”門店對總部最不服從之處，就在于自行采購藥品，這容易引發質量問題、價格等方面的問題。所以，第七、第八、第十五這三條徹底堵住了這條通路，使得“加盟連鎖”失去了可行性，有望大大提高藥品零售連鎖率的可信度，并防范門店失控。
“藥品零售藥學服務規范”部分
第一條： 藥品零售企業……以顧客為中心，開展藥學服務活動，實現服務的規范化、科學化、人性化，以滿足顧客用藥需求。
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藥品零售企業的藥學服務一直是藥店的歷史傳統，但系統地提出并實施，還是新世紀的事，當前還缺乏行業和政府的統一規范。這次將之能夠列入國家的規范文件之中，是一個進步，必將有效造福社會，也必將推動藥品零售企業向新的經營領域發展。
特別是第六條至第十一條（共六條），規定了從企業負責人、質量管理人員到藥學服務人員的責任和任職條件，第十二條至第二十五條（共十四條），規定了藥學服務的具體內容，若能認真貫徹，一定能達到規范化、科學化、人性化的目的。
第十二條 ：銷售處方藥時，執業藥師應當負責處方審核，對處方所列藥品不得擅自更改或代用，對有配伍禁忌或超劑量的處方，應當拒絕調配，但經處方醫師更正或重新簽字確認的，可以調配。
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醫師與藥師這兩大專業技術人員，各有其業務特長，也各有其專業責任，但始終沒有規范的職責邊界界定，以至藥師的職責要么由醫師代理，要么就放空。這與藥監部門要求零售藥店配備執業藥師的規定不相稱。這次對執業藥師審核處方的責權有了明確，和醫師之間的責任界限也有了明晰，便于各方操作，相信醫師藥師的關系會逐步理順。需要注意的是，由于這是新規定，各相關方面會有一定的不適應，尚需在實踐中磨合，加以不斷改善。